农村新型合作医疗在全国农村试点推广以来，受到农村广大群众的欢迎。但是，在一些地方，新型农村合作医疗实践过程当中依然存在一些问题，值得高度重视。
　　一是乡(镇)卫生院服务能力有待进一步提高，县、乡(镇)医疗卫生技术骨干短缺，乡(镇)卫生院医疗科室开设不全，虽然国家投资配备了—定的医疗器械，并且逐年增加，但是，乡村基本的医疗设备还是相对滞后，医生医疗水平依然低下，群众信任程度较低，一定程度上影响了新型农牧区合作医疗工作。
　　二是新型农村合作医疗并没有彻底解决农村大病问题。由于报销数额有限，或者上有封顶，农民得大病后报销医药费有限，农村大病患者及其家庭依然难以承受大病巨额医疗费，没钱看病现象依然存在，大病致贫现象依然存在。另外，虽然有合作医疗报销，但是，药价昂贵，医院管理不善等问题依然存在，特别是—些大病患者家庭，依然存在有病难治在家等死的现象。一些高额的医疗费，导致出现一人得病、全家贫困的现象。新型合作医疗仅仅是解决了部分农民看病难问题，但是并没有完全解决农民大病问题。从某种角度上讲，目前的新型农村合作医疗制度依然是保小病不保大病，没有解决农村群众迫切要解决的大病医疗问题。
　　三是目前乡(镇)事业单位机构改革，开始定编定岗，乡(镇)合作医疗管理办公室却没有核定编制，工作人员均为乡镇各站所临时抽调人员，不在自己核定的编制岗位上，时间长了担心出现空挂现象。
　　四是具体工作过程中，存在—些问题。如定点医院不合理。定点医疗机构太少，特别是—些专科医院，群众信任的医院因为某种利益原因未纳入定点范围，影响参合农民就诊。目前虽然看起来补偿比例较高，实际住院补偿比例很低。
　　随着国家投入力度加大，国家每年给农村新型合作医疗每个人投入资金额不断加大翻番，为新型合作医疗发展提供了部分资金保障，进—步完善新型农村合作医疗制度势在必行。
　　首先，加大医疗体制改革力度。目前看病难、看病贵与医疗体制改革滞后有直接的关系。许多药品定价极高，医生工资收入直接与药品销售挂钩，导致医生给病人看病拿回扣等，这些现象需要进—步加以改进。对于一些大病患者的家庭，进行必要的保险补助势在必行。
　　其次，加大业务人员的培训力度。快捷的方式便是从现有的大中专医科毕业生中挑选—批下派到乡村医院工作实践。各级政府及卫生行政部门必须加大对农村人才培养力度，采用长期培训与短期培训相结合，脱产培训与函授学习相结合的办法，对医务人员进行分期、分批安排培训，真正做到小病不出村，常见病不出乡，大病不出县。特别是—些边远贫困地区，国家更要加大扶植力度，真正解决基层群众看病难的问题。
　　第三，进—步加大合作医疗制度的健全与完善，提高医疗水平，更新医疗器械，改善服务态度，完善群众的申诉渠道，巩固服务质量，因地制宜地解决群众提出的问题。特别是完善群众申诉渠道，应该得到有关部门的重视。
　　第四，加大农村基层医疗机构的日常投入，解决农村基层医疗保证问题，首先就要向农村基层医疗机构进行必要的投入，确保其能够维持基本的生存需要，保障农村社区基本医疗需要。